1949
Rozpoczęto prace nad organizacją Muzeum Regionalnego w Białymstoku z siedzibą w prawym skrzydle odbudowanego ze zniszczeń wojennych pałacu Branickich. Głównym inicjatorem powstania muzeum był Konserwator Wojewódzki – Władysław Paszkowski.
W latach 1949—1952 kierownikiem muzeum był Robert Karat.
1952
W 1950 r. Muzeum przeniesiono do Pałacyku Gościnnego Branickich. 1 stycznia 1952 r. placówkę upaństwowiono, nadając jej nazwę Muzeum w Białymstoku.
W latach 1952—1974 kierownikiem, a następnie dyrektorem muzeum była Zofia Sokołowska.
1958
Muzeum w Białymstoku otrzymało statut Muzeum Okręgowego (II kategoria w klasyfikacji muzeów). Jego nową siedzibą został, odbudowany od podstaw, białostocki ratusz z poł. XVIII w.
1962
Pierwszy oddział – Muzeum Ruchu Rewolucyjnego – powstał w 1962 r. Z czasem włączony został do niego Dział Historyczny (1975). Nowy profil i nazwę muzeum uzyskało w 1992 r., kontynuując swoją działalność jako Muzeum Historyczne. Od 1976 r. Muzeum zajmuje secesyjną kamienicę przy ul. Warszawskiej 37.
1963
W kolejnych latach powoływane były specjalistyczne pracownie, następnie przekształcane w działy: Historii, Archeologii, Sztuki, Etnografii, Naukowo-Oświatowy i Dokumentacji (dzisiejsza Biblioteka).
W 1968 r. utworzono drugi oddział – Muzeum Wojska, które w 1976 r. stało się odrębną instytucją.
1973
W letniej rezydencji Branickich w Choroszczy zorganizowano wystawę wnętrz pałacowych – późniejsze Muzeum Wnętrz Pałacowych (1992). Także w tym roku w Supraślu, w refektarzu i kaplicy Pałacu Opatów (XVII w.), zaprezentowano ekspozycję szesnastowiecznych fresków z cerkwi Zwiastowania NMP (od 1980 r. Punkt Muzealny).
W latach 1974—1980 dyrektorem muzeum był dr Jan Jaskanis.
1976
Powołano nowy oddział – Muzeum w Tykocinie – na siedzibę muzeum przeznaczono dwa budynki pozostałe po gminie żydowskiej istniejącej w mieście w latach 1522–1941 – Wielką Synagogę oraz Dom Talmudyczny.
W latach 1981—1982 dyrektorem muzeum był Eugeniusz Jakubaszek.
1982 – 1985
W latach osiemdziesiątych powstały trzy nowe oddziały: Białostockie Muzeum Wsi (1982), Muzeum w Bielsku Podlaskim (1984), które zajęło osiemnastowieczny ratusz, i Galeria Sztuki Współczesnej (1985). Pierwszy z nich od 2016 r. funkcjonuje samodzielnie jako Podlaskie Muzeum Kultury Ludowej (łącznie z zasobami Działu Etnografii), drugi w 2020 r. otrzymał nowy profil i nazwę – Muzeum Obojga Narodów w Bielsku Podlaskim, zaś zbiory trzeciego, zamkniętego w 1992 r., ostatecznie przejął Dział Sztuki.
W latach 1983—1989 dyrektorem muzeum była Janina Hościłowicz.
1993
W oparciu o gromadzone od lat sześćdziesiątych zbiory i przejęte depozyty w 1993 r. utworzono Muzeum Rzeźby Alfonsa Karnego – wybitnego artysty, urodzonego w Białymstoku. Muzeum ulokowano w zabytkowej, drewnianej willi z XIX w.
Od 1998 muzeum działało pod nazwą Państwowego Muzeum w Białymstoku. W 2000 r. przemianowane zostało na Muzeum Podlaskie w Białymstoku.
W latach 1990—2020 dyrektorem muzeum był Andrzej W. Lechowski.
2006
Zorganizowano nowy oddział – Muzeum Ikon w Supraślu. Placówka zajęła część siedemnastowiecznego Pałacu Opatów Monasteru Supraskiego.
W roku 2020 dyrektorem muzeum został dr Waldemar F. Wilczewski, który piastuje to stanowisko do dziś.
2023
Utworzono Muzeum Fotografii Wiktora Wołkowa w Turośni Kościelnej z siedzibą w osiemnastowiecznym „dworku myśliwskim”.
