Okres II wojny północnej słusznie został nazwany przez historiografię polską potopem szwedzkim. Tereny dzisiejszego Podlasia stały się jednym z głównych teatrów działań wojennych, które odbiły się na kulturze materialnej tamtych czasów. Wiele miast, takich jak Drohiczyn, Tykocin czy Bielsk, zostało spalonych lub złupionych przez wojska szwedzkie czy rosyjskie. W materiale archeologicznym widzimy zahamowanie rozwoju niektórych ośrodków miejskich i rozkwit innych, które wypełniły powstałą pustkę. Spalone i wyludnione wsie były powtórnie zaludniane, choć nie wszystkie. Wśród mieszkańców pogranicza roznosiły się pierwsze powojenne zarazy, które trwały z różnym nasileniem aż do połowy następnego stulecia. W XVIII w. na terenach dzisiejszego województwa podlaskiego dynamika kulturową miast wyrosłych w późnym średniowieczu przeniosła się na miasta lokowane i zarządzane przez właścicieli prywatnych i królewskich. Istotną działalność reorganizacyjną prowadzili Jan Klemens Branicki oraz Antoni Tyzenhaus. Okres ten też jest ściśle powiązany z rozwojem późnonowożytnych prywatnych pałaców magnaterii, zwłaszcza założeń i rezydencji Branickich w Białymstoku i Choroszczy.
W zbiorach Działu Archeologii z tego czasu pochodzą zabytki pozyskane w trakcie badań wspomnianych wyżej rezydencji oraz miast i wsi. Istotne są też znaleziska funeralne pozyskane z cmentarzy wiejskich, krypt i nekropoli miejskich.
