Wraz z upadkiem Rzeczypospolitej Obojga Narodów i rozbiorem państwa przez ościennych zaborców nastąpiła zmiana w funkcjonowaniu terenów dzisiejszego województwa podlaskiego. Wpłynęło to na ograniczenie autonomii i wolności mieszkańców, zwłaszcza szlachty i duchowieństwa. Władze carskie wprowadziły reformy administracyjne, podatkowe i prawne, które miały na celu zrusyfikowanie i zmodernizowanie regionu. Podlasie było też miejscem walk narodowowyzwoleńczych, takich jak powstanie kościuszkowskie (1794), powstanie listopadowe (1830–1831) czy powstanie styczniowe (1863–1864). Rozpoczął się okres industrializacji przemysłu i modernizacji miast. W historiografii jest on nazywany długim XIX w., co też widoczne jest w materiale archeologicznym.
Główna część zbiorów archeologicznych to przedmioty masowej produkcji związane z rozwijającym się przemysłem włókienniczym i manufakturami. Istotnymi elementami są także znaleziska reprezentujące późnodziewiętnastowieczną kulturę mieszczańską. Zabytki pochodzą głównie z badań wyprzedzających i nadzorów archeologicznych inwestycji budowalnych. Oddzielną kategorię stanowią artefakty pozyskane z prac poszukiwawczych prowadzonych na polach bitew powstańczych w Puszczy Knyszyńskiej. Stanowią one jeden z niewielu przykładów przedmiotów bezpośrednio związanych z drogą Polaków i Litwinów do niepodległości.
