Kolekcja ikon podlaskich przedstawia region jako terytorium wyjątkowe, którego bogactwo stanowi różnorodność kulturowa i wyznaniowa mająca odzwierciedlenie w dziedzictwie związanym ze sztuką sakralną.
W zbiorach Muzeum Ikon znajdują się zabytki cerkiewnej sztuki sakralnej, które są świadectwem przemian historyczno-religijnych zachodzących na Podlasiu. Najcenniejsze należały do późnomanietrystycznego unickiego ikonostasu cerkwi Zwiastowania NMP w Supraślu, zburzonej w 1944 roku przez wycofujące się wojska hitlerowskie. Pochodzące z wrót diakońskiech siedemnastowieczne ikony Michała Archanioła oraz Aarona Arcykapłana są obok supraskich fresków zabytkami świadczącymi o randze, historii i kulturze artystycznej Ławry Supraskiej w czasach jej świetności.
Drugi zespół ikon-reliktów podlaskiej proweniencji stanowi grupa obiektów pochodzących z nieistniejącej cerkwi Zaśnięcia Bogarodzicy w Czyżach, która należała do jednej z najstarszych parafii prawosławnych na Podlasiu. We wnętrzu świątyni znajdowało się cenne zabytkowe wyposażenie datowane od XVI do końca XIX stulecia. Jednak do naszych czasów przetrwały tylko nieliczne obiekty, które w tym czasie były przechowywane w placówkach muzealnych bądź w pracowni konserwatorskiej. Są to ikony wchodzące w skład kolejnych ikonostasów tej świątyni: poczynając od wizerunków św. Jana Teologa i św. Szymona z XVII wieku, poprzez zespół XVIII-wiecznych przedstawień apostołów i proroków.
